主要應用于藥丸（水丸、密丸、水密丸等）、藥片、藥粉、藥顆粒各種口服液、中西藥材等的干燥與殺菌處理。長期以來，我國醫藥加工業都是采用傳統的加熱干燥、殺菌方式，如采用熱風、遠紅外進行藥品的干燥，用高溫高壓，鈷60等進行殺菌。它們不僅熱效率利用率低、加熱時間長、占地面積大不利于環保。同時，殺菌要在加壓120℃的高溫下，保溫20~40分鐘，而藥品的藥效和營養成分必將受到一定程度的破壞。而采用微波干燥、殺菌能充分發揮微波干燥、殺菌特性，就可以解決傳統加熱的弊端。用精心設計的藥丸微波干燥機，加工的藥丸不龜裂，一致性好，保持原樣性，延長了保質期。采用5KW微波口服液殺菌的設備，每小時可加工10ML的口服液5000支以上，其殺菌溫度僅為80℃左右，時間不到1分鐘，不僅衛生指標達標而且口服液體色澤清澄、保持了口服液原營養成分、無沉淀、口感佳。

微波能應用技術在藥品工業上的應用主要在以下幾個方面：中藥材的快速干燥、殺蟲、滅菌；中成藥、藥片、藥丸等的干燥、殺菌；粉狀藥劑的干燥、殺菌；口服液的殺菌等。 例如中藥材在貯運過程中為防止霉變或加工前處理中，必需對它們進行干燥處理。以傳統的加熱方式不同原料進行干燥時，原料內外受熱不均勻、能耗大、時間長、干燥效果不理想。而用微波進行處理，由于是物料直接吸收微波能量來達到加熱的目的，因此物料內外受熱均勻、速度快、時間短藥材品位高、能耗小等。

微波加熱的特點：

   l 時間短、速度快。 微波加熱是使被加熱物體本身成為發熱體，不需要熱傳導的過程，微波從四面八方穿透物料，使物體在短時間內達到均勻加熱，大大縮短了時間。

   2 均勻加熱。用常規干燥法為提高干燥速度，就需要升高外部溫度，這樣容易在藥丸外面產生一層硬殼。微波加熱是內外同時加熱，不需要熱傳導，通常都能均勻滲透電磁波，產生熱量，因此均勻性大大改善。

   3 低溫殺菌保持藥用成分。微波殺菌是微波熱效應和非熱效應共同作有的結果，與常規熱力殺菌比較，能在較低的溫度和較短的時間就能獲得所需的消毒殺菌效果，微波熱效應主要起快速升溫殺菌作用，而非熱效應則使微生物體內蛋白質和生理活性物質發生變異，而喪失活力或死亡，熱效應與非熱效應共同作用，處理時間大大縮短。實踐表明一般殺菌溫度在70-80℃就能達到效果，各種物料的殺菌作用一般在3-5分鐘內。因此，被加工的中草藥材的內在、外觀質量及中草藥的色、味、藥效均不受太大影響。

   4節能。常規熱力殺菌往往在環境及設備上存在熱損失，而微波是直接對物料進行作用處理，因而沒有額外的熱能損失，所以工人工作環境好，與遠紅外加熱相比可節電30%。

    5 易于控制、工藝。與常規方法比較，設備能即開即用，沒用熱慣性，操作靈活方便。微波功率可調，傳輸速度也可調。